Bioinfo

Euh, j'ai pas encore commencé bioinfo. Qqun peut me dire ce qu'il faut exactement connaitre dans ce cours? C'est bien a cours ouvert hein? Bizz et bon courage pour ce dernier!

ben j'espère bien que c'est à cours ouvert. En tout cas moi j'étudie dans cette optique là.

je crois qu'il faut surtout comprendre les différents programme, c'est à dire savoir quand il faut tel ou tel programme et comment ils fonctionnent.
C'est dû moins ce que moi j'étudierai. Sans oublier les fameux et super chouette algorithmes

Tant que j'y suis j'ai dejà quelques questions:

Dans les algorithmes de Needleman et wunch, pourquoi est ce que lorsque l'on doit déterminer le score lors d'un déplacement vertical ou horizontale, on prend le meilleur score + gamma??

Dans l'algorithme de smith watermann, pourquoi ne met on pas de point négatifs?

j'en ai vraiment plus que marre....pas envie de commencer ces foutoux exercices

Bonjour.
Après une journée de vacances, on se remet en route...
Dans les dias que le prof a envoyées, j en ai 38 et la dernière va jusqu'à l exercice 16 des alignements multiples.
Or dans mon cours j ai des exercices ki vont jusqu'à l exercice 23.
Avez vs des dias qui vont au dela de la dia 38. Si oui, qqn peut-il me les envoyer?
Merci d avance et courage pour ce dernier!!

Voilà, je t'ai envoyé le mail!
Quelques petites questions :
- La E-value finalement ca représente quoi?
- Et le ktup?
- Dans Blast (partie expliquée par Herzog) j'ai noté que on commence la comparaison de séquence qd on a un remplacement de valeur supérieure au seuil (13). On continue la comparaison jusqu'a ce qu'on arrive a un score trop faible. Quel est ce score? Score inférieur au seuil ou un autre?
- Qd on a les résultats d'un fastA sur emboss, on obtient un histogramme. C'est quoi les significations de tous les signes de l'histogramme?
- première feuille du cours on a explication de tous les protocoles http, ftp,... Rassurez moi, il ne faut pas comprendre ces choses????
Merci bien!!!

Pr Cindy j comprends pas très bien tes questions ms bon, voici ce que j ai compris:
-Pr Needleman-Wunsh, ben c'est logique d'ajouter gamma,la penalité de gap, puisque ce sont des déplacements horiz ou vertic (et donc des insertions ou deletions)
-Pr Smith Waterman, si on ne met pas de signes négatifs c'est parce que quand tu compare les valeurs pour voir quelle est la valeur max, tu dois comparer à 0. Donc il n y a que les chiffres positifs qui peuvent remplir les cases. Par contre j sais pas à quoi ça sert.
Enfin, j sais pas si j suis très compréhensible car c'est pas facile à expliquer les algorithmes!!!

Pr Candice, j sais pas répondre, j en suis pas encore là.

salut,

la E-value c'est le rapport du score que tu obtiens pour ta séquence quand tu la compare aux séquences des banques, divisé par le score que tu obtiens en faisant une comparaison avec les séquences des banques mais cette fois ci au lieu de les comparer à ta séquence, tu les compare à une séquence contenant les meme lettre que ta séquence mais misent dans n'importe quel ordre.

Le ktup, c'sest la longueur des mots que tu choisi pour crée ton index

Pour fasta je sais pas t'aider, je comprend rien à cet histogramme

question à la con mais c moi ou le SRS a complètement changé son interface pour remplir les demandes de recherches,
pcq moi j'atteris sur un site tt à fait différent et je n'arrive pas faire ne serait-ce que le truc de base des premiers exercices!!!!!
==> HELP

ça a de fait totalement changé manquait plus que ça

je vais commencer à faire exercices, viens sur msn si tuv eux on le fait ensemble

bon tanpis hein, je les pose mes questions connes (toute façon j'uitlise que 1/10 de mon cerveau, j'ai une bonne excuse )

Je commence Herzog et certaines choses me paraissent floues:
- NP ~ 1000bases => c koi NP
- nationaloté de la banque Refseq?
- quand on dit "SRS génère autant s'inde que de champs existants" euh...parle pas français moi, ça veut dire quoi exactement en belge de la rue?

je continue à lire mes autres question sarrivent!

différence netre accession number et primary accession number

merci

moi j'ai noté que le pimary accession number est celui uilisé à l'heure actuelle alors que l'accession number est celui utilisé dans le passé

Les autres questions, je sais pas trop mais a mon avis, la nationalité da la banque refseq c'est pas très important

je ne me souvien pas, comment en ajoutant a 4/5 une unité on arrive a avoir 5/9? svp.

4/5

pour faire 9 tu ajoutes : un g un C un T et un A
et ça fait donc /9

le SRS a partir de be.embnet.org n'est plus accessible? comment l'avez vous acceder?

Voici les multiples questions qui résultent de cette dure journée de travail!!

Tt d'abord, comme SRS a changé, je ne trouve pas comment on fait pour trouver links à partir d'un résultat.

J ai noté 2 phrases ds mon cours partie Herzog que j comprend pas:
-"Défaut de PAM: ne permet de déterminer la fréquence de substitution que dans une famille." J capte pas!!!
-"Les nombres que l'on voit dans les matrices sont les log des rapports des probabilités. " Ce rapport c'est entre quelle et quelle proba???

Quelqu'un a t il su répondre aux questions 12,15 et 16 qu'on a pas fait au cours??? Moi pas moyen!!

Dans Gibbs Sampler dans les méthodes statistiques d'alignement, j ai l impression que le prof a fait une faute.
Au point 1 il a écrit le vecteur de longueur N, ce serait pas plutot de longueur L???

Com d'hab, je vous envoie une pluie de questions, quel bo cado!!

Pour Alionka, now SRS refonctionne

Super!

SRS est mort
pour ce qui est du link, je ne l'ai pas trouvé (là je risque de plus le trouver du tout vu que srs is dead)

Allez, je vais lire Herzog alors...




Une question, kkun peut m'expliquer programmation dynamique hiérarchique, svp (cours brouillon )
Merci

quelqu'un peu-il m'expliquer la diffrénece entre needle et strecher?? appart que les penalités de gap,.. sont différents les résultats sont présentés de la meme manière

Meme problème: quelle est la différence entre matcher et water??

et encore une petite pour la route: lfasta et fasta, les 2 programmes fonctionnent-ils de la meme manière??

petite réponse bateau à le mesure des mes connaissances : minimalistes :
différence entre water et matcher c ke ce dernier peut te donner plusieurs possibilités de score décroissant.
si cette réponse n'est pas bonne il faut se plaindre à srs pcq g passé plein de temps a essayer ke ca marche et g perdu de longues minutes pr étudier

Grrrr qé méééééééééérdeee!
-Tt d'abord, Audrey, tu parles de Gibss bazar ; on n'a qd mêm pas vu cette partie? Ou je me trompes?
-J'ai pas su faire (j'ai déjà pas compris) les exercices 12,15 et 16 donc je pourrais pas t'aider
-qq'un sait m'expliquer le graphe détermination de l'alignement optimal? (euh, j'ai noté à côté de ce graphe qu'il n'y avait pas de question posé sur celui-ci a l'exam -> confirmation?)
-de même pour les alignements multiples, ya des exercices que je sais absolument pas faire mais j'ai a nouveau noté qui avait peu de chance d'avoir ca a l'exam... Est-ce mon esprit qui a fait une association abusive d'idées (oui bon, je suis fatiguée...)
-dans la partie méthodes statistiques d'alignements, pq les caractères non rencontrés à une position du profil posent problème (d'où développement des pseudo-count)


Pour ViP programation dynamique hiérarchique : Tu as par exemple 4 séquences (A,B,C,D) à aligner. Tu dois calculer le score de chacunes des paires possibles (si r séquences à aligner, tu as r(r-1)/2 scores a calculer). L'alignement de la paire qui donne le meilleur score est gardé ("figé" dans le cours). Ex : score de l'alignement Sac. Cette paire "ac" est alors comparée avec les séquences libres qui restent et celles-ci sont aussi comparées entre-elles. A nouveau tu ressort l'alignement de meilleur score Ex : Alignement de "ac" avec d -> Sacd. Et ainsi de suite. En dessinant tu auras un petit arbre

_____________
__|___ |
| | d
a c

Oups il ressemble a rien mon arbre...

Voilà pr SRS l'ancien : http://www.be.embnet.org/srs713bin/wgetz?-page+top+newId...
Je sais pas si ca vous fera plaisir

Dju ca marche pas... ya la page d'accueil mais pas moyen de faire une recherche... keskon fait? c pas juste de devoir faire un exam sur un truc qu'on a pas vu...

oué ben, SRS is re-dead, après les morts-vivants, y a les morts-vivants-remorts,
commence à être dur...

SRS remarche!!!

oui mais une fois ca marche une fois ca marche pas!!!!!
et g essayé avec la liste de serveurs publiques qu'ils proposent pour srs, mais il y en a très peu qui veulent bien marcher... c galère